استان یزد از دیرباز به کویری بودن شهره است. این را می‌شود از قنات‌هایی فهمید که در دل کویر حفر و پیوسته شده‌اند تا منبع و مسیری برای انتقال آب و رفع بحران بی‌آبی در آن مقطع از حیات بشری باشند. این بی‌آبی و چالش سال‌های دور با بروز خشک‌سالی‌های پیاپی و رشد جمعیتی کار را به‌جایی رسانده تا استان یزد امروز برای تأمین آب آشامیدنی خود نیازمند انتقال آب از منابع خارج از استان باشد.
از این رو به منظور تأمین بخشی از هزینه‌های انتقال آب، موسسه‌ای در قالب خیریه و عام‌المنفعه با نام «کوثر» و به همت زنده یاد حجت الاسلام و المسلمین حاج شیخ محمدعلی صدوقی، نماینده فقید ولی فقیه در استان و امام‌جمعه یزد در سال ۱۳۷۲ تأسیس شد تا بلکه توانی مضاعف برای رساندن جرعه‌های آب بر تن خشکیده این استان کویری باشد.
هیئت‌امنای موسسه کوثر را استاندار وقت، یکی از نمایندگان استان در مجلس شورای اسلامی، مدیرعامل شرکت آب منطقه‌ای استان ، مدیرعامل شرکت آب فاضلاب استان و یک نفر صاحب نظر دراین حوزه به انتخاب نماینده ولی فقیه در استان تشکیل می‌دهند تا با انتخاب اعضای هیئت‌مدیره که متشکل از سه نفر می‌باشد به فعالیت‌های اجرایی سامان پذیرد.
